功能基因组学与生物信息学核心

基因组学和生物信息学专业知识

功能基因组学和生物信息学核心,以前被称为分子生物学核心,为功能基因组学和生物信息学研究提供了一个集中的资源,包括专业知识、设备和技术能力。基础设施和技术专长主要用于支持分子、功能基因组学和生物信息学研究方法。

功能基因组学和生物信息学核心由儿科研究中心(NIGMS CoBRE NIH P20GM103620)。



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服务

这一核心的主要服务包括:


  • 核酸分离、质量分析及操作
  • 实时定量PCR分析
  • RNAScope
  • RNA-sequencing
  • 单细胞分析包括单细胞RNA-seq
  • 染色质免疫沉淀反应
  • CRISPR/Cas9介导的基因组编辑
  • 高通量测序服务的协调

生物信息学支持 功能基因组学和生物信息学核心提供生物信息学支持,例如:


  • 基因表达和通路分析微阵列和RNA-seq数据,RNA-seq和scRNA-seq数据
  • ChiP-seq数据的综合分析,包括motif注释和条件之间的差分绑定
  • DNAseq数据分析包括全基因组和全外显子组(WGS)和(WES)

设备

  • Q700超声发生器
  • 10 x铬控制器
  • Precellys24组织均质机与Cryolys冷却装置
  • 基准BeadBug均质器
  • Promega Maxwell 16mdx核酸提取仪
  • 核酸提取用巧立方
  • Life Technologies Bench Pro 2100质粒净化站
  • Thermo Savant SPD111V SpeedVac
  • 通用电气NanoVue分光光度计
  • 热nd - 200分光光度计
  • 热纳米滴光度计
  • 取3个读板器/分光光度计
  • 安捷伦2100生物分析仪
  • Eppendorf Mixmate微板摇床
  • Eppendorf温度计F0.5/F1.5/F2.0 (2X)
  • BioRad MyCycler 96井梯度热循环器(2X)
  • GeneAmp PCR系统9700 (2X)
  • 战略基因MX3005p QPCR实时PCR系统
  • 应用生物系统公司7500实时PCR系统
  • UVP生物光谱500成像系统
  • UVP GelDocIt 310成像系统
  • Beacon Designer 7软件包
  • 向量NTI先进软件

出版物

Mukherjee M, deRiso J, Otterpohl K, Ratnayake I, Kota D, Ahrenkiel P, Chandrasekar I, Surendran K.成人肾脏内源性Notch信号通路维持远端小管和集合管的节段特异性上皮细胞类型,以确保水稳态。中华医学杂志2019 1月30日(1):110-126。PMCID: PMC6317606 PMID: 30514723。

Grausam KB, Dooyema SD, Bihannic L, Premathilake H, Morrissy AS, Forget A,等。ATOH1促进Sonic Hedgehog亚群成神经管细胞瘤的轻脑膜播散和转移。癌症研究。2017.

Grassmeyer J, Mukherjee M, deRiso J, Hettinger C, Bailey M, Sinha S,等。Elf5是肾脏中一个主要的细胞谱系特异性转录因子,有助于Aqp2和Avpr2基因的表达。发育生物学。2017, 424(1): 77 - 89。PMID: 28215940。PMCID: PMC5382981。

Mdaki KS, Larsen TD, Wachal AL, Schimelpfenig MD, Weaver LJ, Dooyema SD,等。孕妇高脂饮食通过代谢应激和线粒体功能障碍损害糖尿病妊娠后代的心脏功能。中华医学会杂志2016;310(6):H681-92。

李丽,Grausam KB,王杰,伦MP, Ohli J, Lidov HG,等。Sonic Hedgehog基因促进notch依赖的脉络膜丛肿瘤细胞的增殖。细胞生物学性质。2016; 18(4): 418 - 30。

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